Klimatyzatory wykorzystują filtry, których zadaniem jest zatrzymywanie zanieczyszczeń. Najczęściej producenci zalecają, aby czyścić filtry w urządzeniu przynajmniej raz na 3 miesiące i w razie potrzeby wymieniać je na nowe. Filtry w urządzeniach klimatyzujących najczęściej są kilkustopniowe. Filtry wstępne, określane także jako zgrubne, najczęściej można wymontować i czyścić z użyciem środków czyszczących. Filtry zatrzymujące mniejsze zanieczyszczenia należy wymieniać na nowe.
Aby klimatyzator działał sprawnie, duże znaczenie ma jego odpowiednie konserwowanie, które polega przede wszystkim na jego oczyszczeniu, odpowiednim nasmarowaniu konkretnych elementów oraz ewentualnej wymianie części eksploatacyjnych. Najczęściej zaleca się wykonanie konserwacji klimatyzatora raz na rok i w tym celu należy skorzystać z pomocy profesjonalnej firmy serwisującej klimatyzację.
Dodatkowo zaleca się również dezynfekowanie klimatyzacji, które ma na celu usunięcie osadzających się w niej drobnoustrojów. Najczęściej dezynfekcja prowadzona jest razem z konserwacją klimatyzacji. Takie prace również przeprowadzają firmy odpowiadające za serwis klimatyzacji.